Análisis bioinformático de datos de arrays usando R y Bioconductor

Análisis bioinformático de datos de arrays usando R y Bioconductor


Curso de introducción al análisis de microarrays dirigido a estudiantes, profesionales e investigadores que desean inicializarse en el proceso de manejo y procesamiento de datos de microarrays, realizar estudios estadísticos así como representaciones gráficas detalladas a partir de ellos.

Se impartirá los días 24 y 25 de octubre de 2016 en Valencia.

 


 

OBJETIVOS DEL CURSO:

Este curso está dirigido a estudiantes, profesionales e investigadores del mundo de la medicina, farmacia o biología, que necesitan manejar los datos obtenidos a partir de las diferentes plataformas de microarrays existentes (principalmente Affymetrix y Agilent) con el fin de obtener información biológica relevante asociada a las condiciones experimentales aplicadas.

El objetivo del curso es presentar la metodología para el análisis de microarrays, e introducir los conceptos básicos y características principales de ésta.

 

TEMARIO:

Bioconductor:

  • Instalación Bioconductor
  • Paquete affy: Carga, preprocesado y normalización de arrays de Affymetrix.
  • Paquete limma: Carga, preprocesado y normalización de arrays de Agilent. Análisis de expresión diferencial y corrección FDR.
  • Paquete biomaRt: Anotación funcional de los diferentes identificadores de genes.

Carga microarrays:

  • Interpretación objeto affybatch
  • Interpretación ExpressionSet

Interpretación datos crudos:

  • Boxplot
  • Cluster
  • PCA

Corrección intensidades y normalización:

  • Preprocesado y corrección dataset Affymetrix, usando como métodos RMA y MAS5.0 + Quantiles
  • Preprocesado y corrección dataset Affymetrix, usando como métodos Background correction (half, normexp, rma, normexpnobg) y Normalización (Scale, Quantile, CyclicLoess)

Expresión diferencial:

  • Caso vs Control (modelo básico limma) realizando la corrección de falsos positivos por Benjamini-Hochberg y Bonferroni para ver las diferencias entre ambos métodos.

Anotación:

  • Anotación funcional con biomaRt, asociando a cada uno de los identificadores el correspondiente nombre, descripción y función.

Resolución de dudas y cuestiones concretas


PRERREQUISITOS:

El curso será principalmente práctico, así que los alumnos deberán acudir con su propio portátil con cualquier sistema operativo. El software que se utilizará a lo largo de las sesiones es el lenguaje de programación R y el editor RStudio. Antes del curso se enviarán indicaciones de cómo instalar R y RStudio y antes de la clase se resolverá cualquier duda o problema al respecto.

Se presupone que los alumnos estan familiarizados con el manejo básico tanto de R como de RStudio. En caso contrario, os invitamos a visitar alguno de nuestros cursos de introducción al lenguaje de programación R.

 

DURACIÓN:

10 horas

 

LUGAR Y FECHAS:

El curso se realizará los días 24 y 25 de octubre, de 09:30h a 15:00h, en el Centro Coworking, Gran Vía Marqués del Túria, 49 – 1 (esquina C/ Isabel La Católica), Valencia. (Ver mapa)

 

¿No puedes asistir en estas fechas? ¿Te resulta imposible acudir al curso en este horario?

No te preocupes. Indícanos cuándo y dónde te gustaría que hiciésemos el próximo curso. (Ver FORMULARIO DE PREFERENCIAS).

 

 

PRECIO:

  • 200 € (150 € si eres estudiante*)

 

INSCRIPCIÓN:

  • Para inscribirte en el curso debes completar el siguiente FORMULARIO
  • Plazas disponibles: 20

 

* Estudiantes de grado universitario, formación profesional o máster. Para obtener el descuento de estudiante será necesario mostrar la acreditación correspondiente